Kad govorimo o endoskopskim pregledima razlikujemo dva načina na koji se oni mogu obavljati. Jedan način je endoskopski pregled na „živo“ odnosno bez sedacije (anestezije), a drugi način je uz prethodnu sedaciju, odnosno uspavanost (anesteziju).
Neovisno o tomu da li se endoskopski pregled radi u sedacij ili bez nje, svaki pacijent mora imati osnovne laboratorijske nalaze -kompletnu krvnu sliku, testove zgrušavanja krvi, šećer u krvi, jetrene probe i dr. nalaze koje odredi liječnik, analazi ne smiju biti stariji od mjesec dana.

Prilikom odluke za endoskopiju bez sedacije uzima se u obzir očekivano trajanje i težina endoskopskog pregleda kao i stanje pacijenta zbog njegovih popratnih bolesti. Osim navedenog važan je i prag boli budući da neke od pretraga mogu biti izrazito bolne. Prednost endoskopije bez sedacije očituje se u činjenici da se na taj način izbjegavaju moguće komplikacije sedacije, a ujedno se i skraćuje vrijeme pregleda jer nije potrebno obaviti neke prethodne radnje koje se pretpostavljaju u slučaju pregleda sa sedacijom. Prilikom ovog postupka pacijenti dobiju lokalni anestetik za sluznicu ždrijela, najčešće u obliku spreja. Oni smanjuju podražaj na povraćanje i blagu tupu bol koja može nastati prilikom pritiska endoskopa na nepce.
Endoskopski pregled u sedaciji

Prilikom razgovora s liječnikom , a prije samog pregleda potrebno je da pacijent zna u cijelosti nabrojati lijekove koje svakodnevno uzima, iskreno dati podatke o uzimanju alkohola, te navesti podatak o mogućoj ranijoj reakciji na sedaciju. Ukoliko se odlučite za endoskopski pregled u sedaciji (uspavljivanju) sam pregled započinje na način da pacijent dobije sedacijski lijek u venu i infuziju fiziološke otopine. Tijekom cijelog pregleda pacijent je monitoriran radi praćenja osnovnih vitalnih funkcija. Po završetku pregleda pacijent se budi, mora postati potpuno priseban s normalnim vrijednostima tlaka i pulsa. Pri povratku kući mora imati pratnju i sljedeća 24 sata ne smije voziti niti upravljati bilo kakvim opasnim sredstvima. Sat vremena nakon pretrage pacijent može piti te nakon dva sata i jesti.